KSeF po wdrożeniu – najczęstsze problemy przedsiębiorców w 2026 roku

Krajowy System e-Faktur stał się w 2026 roku częścią codziennego funkcjonowania wielu polskich przedsiębiorców.

Po pierwszych miesiącach obowiązkowego korzystania z KSeF pytania dotyczą już nie tylko tego, czym jest system i kiedy trzeba go wdrożyć. Przedsiębiorcy zastanawiają się przede wszystkim, jak prawidłowo odbierać faktury, jak nadać dostęp księgowej, co zrobić w przypadku problemów technicznych oraz jak postępować z dokumentem wystawionym poza KSeF.

W tym poradniku omawiamy najczęstsze problemy związane z KSeF, z którymi przedsiębiorcy mogą spotkać się w 2026 roku.

Kogo obowiązuje KSeF w 2026 roku?

Obowiązek wystawiania faktur przy użyciu KSeF został wprowadzony etapami. Od 1 lutego 2026 roku objął przedsiębiorców, których wartość sprzedaży wraz z podatkiem przekroczyła w 2024 roku 200 mln zł. Od 1 kwietnia 2026 roku system stał się obowiązkowy dla pozostałych przedsiębiorców i podmiotów wystawiających faktury, z przewidzianymi w przepisach wyjątkami.

Szczególne rozwiązanie przejściowe dotyczy najmniejszych przedsiębiorców. Jeżeli miesięczna wartość sprzedaży udokumentowanej fakturami nie przekracza 10 000 zł brutto, obowiązek wystawiania faktur w KSeF został dla nich przesunięty do 1 stycznia 2027 roku.

Warto jednak zwrócić uwagę na istotną różnicę: obowiązek otrzymywania faktur w KSeF obowiązuje zasadniczo już od 1 lutego 2026 roku. Oznacza to, że nawet przedsiębiorca, który korzysta jeszcze z okresu przejściowego w zakresie wystawiania faktur, może otrzymywać dokumenty od swoich kontrahentów właśnie poprzez KSeF.

Problem 1. Nie widzę faktury od kontrahenta w KSeF

Jedną z pierwszych zmian, do których muszą przyzwyczaić się przedsiębiorcy, jest sposób odbierania dokumentów zakupowych. Jeżeli sprzedawca prawidłowo wystawił fakturę w KSeF dla krajowego podatnika posiadającego NIP, dokument może być dostępny bezpośrednio w systemie bez konieczności przesyłania go dodatkowo pocztą elektroniczną.

Faktury można odbierać między innymi za pomocą bezpłatnych narzędzi udostępnionych przez Ministerstwo Finansów lub programu finansowo-księgowego zintegrowanego z KSeF.

Jeżeli oczekiwana faktura nie jest widoczna, warto w pierwszej kolejności sprawdzić:

• czy logowanie odbywa się w kontekście właściwego NIP,
• czy osoba korzystająca z systemu posiada odpowiednie uprawnienia,
• czy kontrahent faktycznie przesłał fakturę do KSeF,
• czy dokument otrzymał już numer KSeF,
• czy dane nabywcy na fakturze są prawidłowe.

Warto również pamiętać, że wizualizacja PDF przesłana przez kontrahenta nie jest tym samym co sam dokument znajdujący się w KSeF. Podstawowym źródłem informacji o fakturze jest system.

Problem 2. Kontrahent wystawił fakturę poza KSeF

Może zdarzyć się sytuacja, w której przedsiębiorca otrzyma od kontrahenta fakturę wystawioną poza KSeF, mimo że sprzedawca powinien korzystać już z obowiązkowego systemu.

Samo wystawienie dokumentu z pominięciem KSeF nie oznacza automatycznie, że nabywca traci prawo do odliczenia VAT. Zgodnie z wyjaśnieniami Ministerstwa Finansów decydujące pozostaje spełnienie materialnych warunków odliczenia podatku oraz brak ustawowych przesłanek wyłączających takie prawo.

Nie oznacza to jednak, że taką sytuację należy ignorować. Jeżeli kontrahent powinien wystawiać faktury w KSeF, warto wyjaśnić z nim powód przekazania dokumentu poza systemem oraz sprawdzić, czy faktura nie została równolegle przesłana do KSeF.

W przypadku wątpliwości dotyczących konkretnego dokumentu najlepiej skonsultować go z osobą prowadzącą księgowość firmy.

Problem 3. Biuro rachunkowe nie widzi faktur przedsiębiorcy

Samo podpisanie umowy z biurem rachunkowym nie powoduje automatycznego przyznania mu dostępu do faktur przedsiębiorcy w KSeF.

Podatnik może nadać odpowiednie uprawnienia biuru rachunkowemu. W Aplikacji Podatnika KSeF można wskazać konkretny podmiot poprzez jego NIP i nazwę oraz określić zakres udzielanych uprawnień, na przykład dostęp do przeglądania lub wystawiania faktur.

Możliwe jest również nadanie biuru prawa do dalszego przekazywania uprawnień. Dzięki temu biuro może wskazać swoich pracowników, którzy faktycznie obsługują księgowość danego klienta.

To rozwiązanie jest wygodniejsze niż indywidualne nadawanie dostępu każdej osobie pracującej w biurze rachunkowym.

Problem 4. Mam kilku klientów lub kilka firm – czy dostęp działa automatycznie?

KSeF działa w kontekście konkretnego podatnika. Biuro rachunkowe obsługujące wielu przedsiębiorców nie otrzymuje jednego uniwersalnego dostępu do wszystkich swoich klientów.

W celu pobierania lub wystawiania faktur konkretnego przedsiębiorcy konieczna jest autoryzacja w kontekście jego NIP i wcześniejsze nadanie odpowiednich uprawnień.

Dlatego przy rozpoczęciu współpracy z biurem rachunkowym warto od razu ustalić:

• kto będzie posiadał dostęp do KSeF,
• jaki zakres uprawnień jest potrzebny,
• czy biuro będzie tylko pobierać faktury, czy również je wystawiać,
• kto będzie odpowiedzialny za zarządzanie uprawnieniami,
• jak postępować po zakończeniu współpracy z biurem.

Problem 5. Brak internetu lub chwilowy problem z wysłaniem faktury

Obowiązkowy KSeF nie oznacza, że każda faktura musi zostać wysłana do systemu dokładnie w momencie jej przygotowania.

Przepisy przewidują między innymi tryb offline24. Może być on wykorzystywany na przykład w przypadku problemów z dostępem do internetu, ale nie jest ograniczony wyłącznie do awarii połączenia.

Faktura wystawiona w tym trybie musi mieć odpowiednią strukturę elektroniczną, a następnie powinna zostać przesłana do KSeF najpóźniej w następnym dniu roboczym po dniu jej wystawienia.

W przypadku oficjalnej niedostępności lub awarii KSeF obowiązują odrębne procedury i terminy. System przewiduje między innymi tryb związany z pracami serwisowymi, tryb awaryjny oraz szczególne rozwiązanie na wypadek całkowitej awarii KSeF.

Dlatego przedsiębiorca powinien wiedzieć nie tylko, jak wystawia fakturę w standardowym trybie online, ale również co zrobić, gdy system lub połączenie internetowe nie pozwala na normalne przesłanie dokumentu.

Problem 6. Czy fakturę z KSeF trzeba jeszcze wysłać klientowi e-mailem?

W typowej transakcji pomiędzy krajowymi przedsiębiorcami objętymi systemem wystawienie faktury w KSeF oznacza, że nabywca może otrzymać ją bezpośrednio przez system.

Nie ma więc potrzeby traktowania wiadomości e-mail z PDF-em jako podstawowego sposobu dostarczenia dokumentu.

Sprzedawca może jednak przekazać kontrahentowi wizualizację faktury, na przykład w formie pliku PDF. Taki dokument może być przydatny operacyjnie, ale warto odróżniać jego wizualizację od faktury funkcjonującej w KSeF.

Problem 7. Kto w firmie powinien mieć dostęp do KSeF?

Nie każda osoba pracująca w przedsiębiorstwie musi posiadać taki sam zakres uprawnień. Jedna osoba może być odpowiedzialna za wystawianie faktur, inna za ich pobieranie, a jeszcze inna za zarządzanie uprawnieniami.

Przy większej liczbie użytkowników warto ograniczać dostęp do zakresu rzeczywiście potrzebnego do wykonywania obowiązków.

Ma to znaczenie zarówno organizacyjne, jak i bezpieczeństwa. Szczególnie ważne jest również aktualizowanie uprawnień w sytuacji, gdy pracownik zmienia stanowisko, kończy współpracę z firmą albo przedsiębiorca zmienia biuro rachunkowe.

KSeF a współpraca z biurem rachunkowym

Wprowadzenie KSeF zmienia przede wszystkim sposób obiegu dokumentów. Wiele faktur może być pobieranych bezpośrednio z systemu, ale nadal pozostają dokumenty i informacje, których samo pojawienie się faktury w KSeF nie zastąpi.

Biuro rachunkowe może nadal potrzebować między innymi informacji dotyczących charakteru wydatku, sposobu wykorzystania zakupionego towaru lub usługi, płatności, dokumentów kadrowych czy innych danych koniecznych do prawidłowego ujęcia operacji w księgach.

Dlatego wdrożenie KSeF nie oznacza całkowitego wyeliminowania kontaktu przedsiębiorcy z księgową. Zmienia się przede wszystkim sposób dostępu do części dokumentacji.

Jeżeli korzystasz z usług księgowych, warto wspólnie ustalić:

• kto wystawia faktury sprzedażowe,
• kto pobiera dokumenty zakupowe z KSeF,
• jakie uprawnienia otrzymuje biuro rachunkowe,
• które dokumenty nadal trzeba przekazywać oddzielnie,
• jak wygląda obieg informacji potrzebnych do księgowania,
• co zrobić w przypadku błędu lub nietypowej faktury.

Czy najmniejsze firmy muszą korzystać z KSeF w 2026 roku?

W przypadku najmniejszych przedsiębiorców przewidziano okres przejściowy. Jeżeli w danym miesiącu wartość sprzedaży dokumentowanej fakturami nie przekracza 10 000 zł brutto, do końca 2026 roku przedsiębiorca może być wyłączony z obowiązku wystawiania faktur w KSeF.

Trzeba jednak uważać na przekroczenie limitu. Jeżeli miesięczna wartość sprzedaży dokumentowanej fakturami przekroczy 10 000 zł brutto, obowiązek stosowania KSeF w zakresie wystawiania faktur może powstać już od faktury powodującej przekroczenie limitu.

Od 1 stycznia 2027 roku obowiązkowy KSeF ma objąć również przedsiębiorców korzystających obecnie z tego rozwiązania przejściowego.

Najczęstszy błąd? Traktowanie KSeF wyłącznie jako programu do fakturowania

KSeF wpływa nie tylko na samo wystawienie faktury. Zmienia również sposób jej otrzymywania, przekazywania dokumentów do księgowości, zarządzania dostępami oraz organizację procesów wewnątrz firmy.

Dlatego przedsiębiorca powinien spojrzeć na wdrożenie systemu szerzej i ustalić cały proces obsługi dokumentów – od wystawienia lub odebrania faktury aż po jej prawidłowe ujęcie w księgowości.

Dobrze zorganizowany obieg dokumentów pozwala uniknąć sytuacji, w której właściciel firmy zakłada, że księgowa widzi wszystkie potrzebne informacje tylko dlatego, że ma dostęp do KSeF.

Potrzebujesz wsparcia w księgowości i obsłudze KSeF?

CREDIT wspiera przedsiębiorców w bieżącej obsłudze księgowej oraz w uporządkowaniu procesu przekazywania dokumentów związanych z KSeF. Pomagamy ustalić sposób współpracy, zakres potrzebnych informacji i organizację dokumentacji tak, aby nowe obowiązki były możliwie czytelne dla przedsiębiorcy.

Jeżeli prowadzisz działalność w Koninie lub okolicy i szukasz wsparcia w bieżących rozliczeniach, sprawdź nasze biuro rachunkowe w Koninie.

Możesz również zapoznać się z naszym poradnikiem: jak wybrać biuro rachunkowe w Koninie.

Masz pytania dotyczące współpracy z CREDIT? Skontaktuj się z nami i przedstaw potrzeby swojej firmy.

Najczęściej zadawane pytania o KSeF w 2026 roku